Khu kỳ Ma Cao có nền màu xanh Ma Cao, có ý phát triển thịnh vượng, đồ án khu kỳ gần như hoàn toàn tương đồng với khu huy. Trong khu kỳ có năm sao gồm 1 sao lớn và bốn sao nhỏ, ngoài việc tương tự như năm sao trong quốc kỳ Trung Quốc ra thì nó còn còn ứng với điều một trong luật Cơ bản Ma Cao, đó là Khu hành chính đặc biệt Ma Cao là bộ phận bất khả phân ly của nước Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa".[3] Bên dưới năm sao là một hoa sen màu trắng gồm ba cánh hoa tổ thành, ba cánh hoa này lần lượt đại diện cho bán đảo Ma Cao, Đãng Tử và Lộ Hoàn. Bên dưới hoa sen là cầu lớn màu trắng và màu trắng xanh đan xen thể hiện nước biển sâu dần, tượng trưng cho đặc điểm tự nhiên của Ma Cao.[4]

Tổng cộng nhận được 782 tác phẩm thiết kế khu kỳ và khu huy Ma Cao, qua nhiềm lần bình thẩm chọn được ba thiết kế khu kỳ. Phó chủ tịch Ủy hội soạn thảo luật Cơ bản Ma Cao là Tiền Vĩ Trường nhận định rằng Ma Cao không trải qua chiến tranh quá trọng đại, xung quanh là nước, màu xanh tượng trưng cho hòa bình mỹ hảo, đề nghị có thể xem xét để khu kỳ và khu huy sử dụng màu xanh. Đương thời, Chủ nhiệm ủy ban Hồng Kông và Ma Cao của Quốc vụ viện là Cơ Bằng Phi cho rằng nếu khu kỳ Ma Cao cũng có màu đỏ tương tự như khu kỳ Hồng Kông thì không có vấn đề, song cũng không có quy định khu kỳ của khu hành chính đặc biệt nhất định phải là màu đỏ, sau đó nói một câu rằng "quốc kỳ màu đỏ, khu kỳ màu xanh, hồng hoa phối lục diệp".[5]